법원의 판단
법원은 형사판결의 판단을 뒤집으려면 새로운 증거나 특별한 사정이 있어야 하지만 원고 측이 제출한 자료만으로는 그런 사정을 인정하기 어렵다고 보았습니다.
법원은 문제가 된 세금계산서 5건 가운데 형사재판에서 무죄가 선고된 2건과 유죄가 인정된 3건을 구분해서 살펴보았습니다. 무죄가 인정된 거래는 견적서와 사업비 사용내역서 그리고 실제 물품 사진 등이 존재했고 일부 거래 대금 지급 내역도 확인되었습니다. 반면 유죄가 인정된 거래는 거래를 입증할 자료가 부족했고 실제 거래가 있었다고 보기 어려운 정황들이 확인됐다고 판단했습니다.
원고 회사는 실제 연구개발을 진행했고 사업 성과도 있었으며 지원금을 가로챌 의도는 없었다고 주장했습니다. 원고 회사는 사업에 사용된 자재도 실제로 존재했다고 설명했습니다. 법원은 사업 수행 여부와 별개로 사업비 집행 과정에서 허위 세금계산서가 사용된 사실이 인정되는 이상 정부지원사업 운영지침에서 정한 제재 사유가 성립한다고 판단했습니다.
또한 원고 회사는 허위 세금계산서 수수는 세법 위반에 관한 문제일 뿐 정부지원금 횡령이나 편취와는 다른 범죄라고 주장했습니다. 법원은 정부지원사업 관련 범죄행위가 확정된 경우 참여제한 조치를 할 수 있다는 운영지침의 취지를 고려하면 반드시 횡령이나 편취 범죄만을 의미한다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 허위 세금계산서를 이용한 사업비 집행 역시 정부지원사업의 공정성과 신뢰를 훼손하는 행위로 볼 수 있다는 취지입니다.
한편 중소벤처기업진흥공단이 내린 참여제한과 환수 조치는 일반적인 행정처분이라기보다 사업 협약에 근거한 계약상 조치에 가깝다고 보았습니다. 중소벤처기업진흥공단이 법률에 따라 직접 참여제한 권한을 위임받은 것이 아니라 협약과 운영지침에 따라 조치를 한 것이기 때문입니다. 결국 법원은 원고 회사가 주장한 재량권 남용 주장도 받아들이지 않았습니다.