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[법률칼럼] 정부지원금 부정수급 의심 창업기업 허위세금계산서 문제로 전액환수
조회수11
2026-06-23 17:26

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안녕하세요, 강앤강 법률사무소의 강영준, 강소영 변호사입니다.

국가에서는 창업기업과 중소기업의 성장을 돕기 위해 다양한 정부지원사업을 운영하고 있습니다. 창업 초기 기업이 연구개발 자금을 지원받아 기술을 고도화하기도 하고 해외 전시회 참가 지원을 통해 수출 판로를 개척하기도 합니다. 설비 구축과 인력 채용 그리고 마케팅 비용까지 지원하는 사업도 적지 않습니다.

많은 기업들이 정부지원사업을 발판으로 성장의 기회를 얻고 있습니다. 자금력이 부족한 창업기업에게는 사업을 확장할 수 있는 중요한 기회가 되기도 합니다. 실제로 상당수 기업들이 정부지원사업을 통해 신제품을 개발하고 시장 진출에 성공하며 경쟁력을 키워가고 있습니다.

다만 정부지원금은 국민의 세금으로 조성된 재원인 만큼 사용 과정에 대한 관리와 검증도 매우 엄격하게 이루어집니다. 사업비 집행 내역과 거래 증빙자료는 물론 세금계산서와 회계처리 과정까지 꼼꼼하게 확인됩니다. 사업 자체는 정상적으로 진행되었더라도 증빙 과정에서 문제가 발견되면 지원금 환수나 참여제한 조치로 이어질 수 있습니다.

이번에 살펴볼 사건 역시 정부지원사업에 참여한 기업이 사업비 집행 과정에서 허위 세금계산서 문제가 불거지면서 정부지원금 환수와 참여제한 조치를 받게 된 사례입니다. 기업은 실제 사업을 수행했다고 주장했지만 법원은 다른 판단을 내렸습니다.


사건 개요

원고 회사는 화학제품 연구개발 등을 목적으로 설립된 기업이었습니다. 원고 회사 대표자는 중소벤처기업진흥공단이 운영하는 청년창업사관학교 사업에 선정되면서 정부지원금을 지원받게 되었고 사업화 과제를 수행하기 위한 협약도 체결했습니다. 당시 지원사업은 창업기업의 기술개발과 사업화를 돕기 위한 사업으로 사업비 사용 내역과 증빙자료를 철저하게 관리하도록 규정하고 있었습니다.

문제는 사업비 집행 과정에서 발생했습니다. 수사기관은 원고 회사가 특정 업체로부터 실제 재화나 용역을 공급받지 않았음에도 세금계산서를 발급받아 사업비 집행 증빙자료로 제출한 것으로 의심했습니다. 결국 원고 회사와 대표자는 허위 세금계산서 수수 혐의로 형사재판을 받게 되었습니다.

형사재판에서는 총 5건의 세금계산서가 문제 되었습니다. 법원은 5건 가운데 3건은 실제 거래 없이 발급된 허위 세금계산서라고 판단했습니다. 나머지 2건에 대해서는 실제 거래 가능성을 배제하기 어렵고 증거가 부족하다는 이유로 무죄를 선고했습니다. 형사판결은 항소심과 대법원을 거쳐 그대로 확정되었습니다.

형사판결이 확정되자 중소벤처기업진흥공단은 사업비 부정수급이 있었다고 판단했습니다. 중소벤처기업진흥공단은 원고 회사 측에 정부지원사업 참여제한 3년과 사업비 전액 환수 조치를 통보했습니다. 이에 원고 회사는 실제 연구개발을 진행했고 사업도 정상적으로 수행했으며 지원금을 편취할 의도도 없었다고 주장하면서 법원에 소송을 제기하게 되었습니다.


법원의 판단

법원은 형사판결의 판단을 뒤집으려면 새로운 증거나 특별한 사정이 있어야 하지만 원고 측이 제출한 자료만으로는 그런 사정을 인정하기 어렵다고 보았습니다.

법원은 문제가 된 세금계산서 5건 가운데 형사재판에서 무죄가 선고된 2건과 유죄가 인정된 3건을 구분해서 살펴보았습니다. 무죄가 인정된 거래는 견적서와 사업비 사용내역서 그리고 실제 물품 사진 등이 존재했고 일부 거래 대금 지급 내역도 확인되었습니다. 반면 유죄가 인정된 거래는 거래를 입증할 자료가 부족했고 실제 거래가 있었다고 보기 어려운 정황들이 확인됐다고 판단했습니다.

원고 회사는 실제 연구개발을 진행했고 사업 성과도 있었으며 지원금을 가로챌 의도는 없었다고 주장했습니다. 원고 회사는 사업에 사용된 자재도 실제로 존재했다고 설명했습니다. 법원은 사업 수행 여부와 별개로 사업비 집행 과정에서 허위 세금계산서가 사용된 사실이 인정되는 이상 정부지원사업 운영지침에서 정한 제재 사유가 성립한다고 판단했습니다.

또한 원고 회사는 허위 세금계산서 수수는 세법 위반에 관한 문제일 뿐 정부지원금 횡령이나 편취와는 다른 범죄라고 주장했습니다. 법원은 정부지원사업 관련 범죄행위가 확정된 경우 참여제한 조치를 할 수 있다는 운영지침의 취지를 고려하면 반드시 횡령이나 편취 범죄만을 의미한다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 허위 세금계산서를 이용한 사업비 집행 역시 정부지원사업의 공정성과 신뢰를 훼손하는 행위로 볼 수 있다는 취지입니다.

한편 중소벤처기업진흥공단이 내린 참여제한과 환수 조치는 일반적인 행정처분이라기보다 사업 협약에 근거한 계약상 조치에 가깝다고 보았습니다. 중소벤처기업진흥공단이 법률에 따라 직접 참여제한 권한을 위임받은 것이 아니라 협약과 운영지침에 따라 조치를 한 것이기 때문입니다. 결국 법원은 원고 회사가 주장한 재량권 남용 주장도 받아들이지 않았습니다.


판결

법원은 정부지원사업 수행 과정에서 허위 세금계산서 수수가 인정된 이상 중소벤처기업진흥공단의 정부지원사업 참여제한 3년 및 지원금 환수 조치는 정당하다고 판단하며 원고 회사의 청구를 모두 기각했습니다.


정부지원사업은 기업 성장에 큰 도움이 되는 제도이지만 지원금을 받는 순간부터 일반적인 기업 자금보다 훨씬 높은 수준의 관리 의무가 발생합니다. 거래처 선정 과정과 사업비 집행 내역 그리고 세금계산서 발급 경위까지 모두 객관적인 자료로 설명할 수 있어야 합니다. 특히 정부지원금 관련 분쟁은 형사사건과 행정분쟁 그리고 환수금 청구 문제가 동시에 발생하는 경우가 많습니다. 수사기관 조사 단계에서 어떤 자료를 제출했는지에 따라 결과가 달라질 수 있고 형사판결이 이후 환수 절차와 민사분쟁에도 영향을 미치는 경우가 적지 않습니다.

정부지원금 환수 통보를 받았거나 부정수급 의혹으로 조사를 받고 있다면 초기 대응이 중요합니다. 사업 수행 과정과 회계처리 과정을 종합적으로 검토하고 거래 증빙자료를 체계적으로 정리하는 작업이 필요합니다. 같은 자료라도 어떤 방식으로 설명하고 입증하느냐에 따라 결과가 달라질 수 있기 때문입니다.

정부지원사업 관련 사건은 기업 운영 자체에 큰 영향을 줄 수 있는 만큼 관련 경험이 있는 변호사와 함께 대응 방향을 검토해 보시는 것이 필요합니다. 참여제한 조치와 환수금 문제 그리고 형사책임 여부까지 함께 살펴보며 대응 전략을 세우는 과정이 중요합니다.

강앤강 법률사무소대한민국 1위 기업 삼성대한민국 1위 로펌 김앤장 출신 변호사들이 처음부터 직접 사건 상담을 진행하며 철저한 사건 분석 및 검토를 통해 의뢰인의 사건이 신속하게 해결될 수 있도록 도와드리고 있습니다.

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